Wie zu Zeiten, als die Bauern aus Gravenstein und Angeln ihre Produkte nach Flensburg zum Verkauf in den Flensburger Hafen brachten, fahren die Traditionsschiffe des Vereins an einem Freitag im Oktober nach Glücksburg  aus, um mit rund einer Tonne Äpfel wieder im Hafen anzulanden. Dann startet am Bohlwerk des Museumshafens das Apfelfest: Äpfel, aber auch Gemüse und Räucherfisch aus der Region, werden duftend frisch von alten Schiffen aus verhökert.

Die Crews der Schiffe, Freundinnen und Freunde des Museumshafens, Menschen mit Spaß an der traditionellen Seefahrt und alle Gäste gestalten gemeinsam die Apfelfahrt.